Theo Đại Nam nhất thống chí, bộ quốc sử thời Nguyễn, Yên Tử là “Tổ sơn” của toàn bộ khu vực núi non vùng Hải Đông (tức toàn bộ phía Đông đồng bằng châu thổ Bắc Bộ thời Trần, trong đó có Hải Dương, Quảng Ninh ngày nay) và vùng Đông Triều thuộc khu vực sườn nam dãy núi Yên Tử là nơi phát tích của nhà Trần, không phải là vùng Tức Mặc-Long Hưng-Thiên Trường.

Yên Tử là phúc địa thứ tư trong bốn vùng đất được coi là “phúc địa của Giao Châu”. “Đã có một loại quy hoạch tâm linh” nào đó ít nhất tồn tại dưới thời Lý, thời Trần về bốn ngọn núi ở Bắc Bộ. Không phải vô cớ khi chính Trần Nhân Tông lại chọn Yên Tử làm nơi tu tập của mình, bởi vì Ngài không thể không biết đó là phúc địa (đất phúc).

Yên Tử là nơi Trần Thái Tông (ông nội của vua Trần Nhân Tông) thời trai trẻ (năm Thiên Ứng Chính Bình, 1236) đã tìm về đây để “cầu làm Phật”. Nhờ có lời khuyên của Trúc Lâm Đạo Viên trên núi Yên Tử cùng với thái độ kiên quyết can ngăn của thúc phụ là Thái sư Trần Thủ Độ và quần thần thân tín, Trần Thái Tông mới chịu quay trở lại triều đình làm vua và trở thành một bậc minh quân mang tâm Phật.

Yên Tử cũng là nơi thường thăm viếng của Thượng hoàng Trần Thánh Tông, phụ thân vua Phật Nhân Tông. Những áng thơ hay của Trần Thánh Tông cũng được viết ra từ non thiêng Yên Tử. Bản thân vua Trần Nhân Tông năm 16 tuổi (1274) được vua cha lập làm Hoàng thái tử nhưng Ngài từ chối, muốn nhường lại cho em mình là Đức Việp mà không được. Sau đó có lần Hoàng thái tử đã bỏ nhà lên núi Yên Tử định đi tu. Sự kiện này đã được ghi trong Thánh đăng ngữ lục.

Cho nên, vùng Đông Triều – Yên Tử có một vị trí đặc biệt với dòng họ nhà Trần. Có thể gọi vùng này là linh địa của thời Trần, nên các vị vua triều Trần có chuyện thì về đấy mà khi chết thì cũng về đấy. Người ta thường muốn chết ở nơi quê hương mình. Mười năm cuối đời dành cho việc xuất gia tu hành, vua Trần Nhân Tông trở về nơi phát tích Yên Tử cũng không ngoài lệ chung gia tộc ấy.

Trước khi vua Trần về tu hành ở đây, Yên Tử đã từng lưu danh Yên Kỳ Sinh tu tiên đắc đạo. Tuy không có bằng chứng sử liệu nhưng với một pho tượng bằng đá (không biết do thiên tạo hay nhân tạo) tương truyền là tượng Yên Kỳ Sinh gần đỉnh núi Yên Tử cũng cho thấy đây là một địa chỉ Đạo giáo lâu đời và cũng là nơi con người tu luyện đạt đạo Tiên. Cuối đời Lý, Yên Tử có Tổ sư Hiện Quang, đầu thời Trần có quốc sư Đạo Viên, quốc sư Đại Đăng, Thiền sư Tiêu Dao, Thiền sư Huệ Tuệ là thầy độ của đức Điều Ngự Giác Hoàng, cũng đã tu hành và đắc pháp, khơi nguồn mạch cho dòng thiền Yên Tử.

Đại Nam nhất thống chí viết: “Núi Yên Tử ở cách huyện Đông Triều 35 dặm về phía đông bắc, có tên nữa là Tượng sơn… Năm Tự Đức thứ 3 liệt vào hàng danh sơn, chép trong điển thờ. Xét: núi này các vua triều Trần cho là đất danh thắng nên dùng làm chỗ tham thiền…”. Cho nên, việc Điều Ngự Giác Hoàng không tìm về nơi khác mà lại chọn Yên Tử làm nơi tu hành không phải là vô căn.

Đức Phật Tổ Thích-ca Mâu-ni đắc đạo thành Phật là nhờ vào phép tu thiền định dưới gốc cây Bồ-đề. Vua Trần cũng tu thiền, lấy pháp tu thiền để đạt đạo. Người tu theo pháp môn thiền định rất cần tới một nơi yên tĩnh, thanh tịnh để ngồi thiền. Núi rừng Yên Tử cách biệt với phàm trần là một nơi lý tưởng để tu thiền.

Không bàn tới yếu tố tĩnh mịch, linh thiêng hay yếu tố phong thủy của núi này mà xét tới tính khoa học của vấn đề, các nhà nghiên cứu cho rằng: những quả núi lâu đời như Yên Tử, Hy Mã Lạp Sơn (Tây Tạng), Phú Sỹ (Nhật Bản)… đều có lực từ trường khá lớn. Những luồng điện này sẽ làm tăng thêm lực cho dòng lưu nhân điện trong thân thể những người ngồi thiền nơi núi đó.

Đức Phật Thích-ca Mâu-ni đã từng nhập định và thành đạo dưới chân núi Hy Mã Lạp Sơn, cạnh núi Tượng Đầu. Sau khi đắc đạo, Ngài vẫn thường cùng với các đệ tử ngồi thiền định trên non Linh Thứu.

Người ngồi thiền mặt quay về hướng nam, lưng xây về hướng bắc là tốt nhất. Khi ngồi, tư thế lưng phải thật thẳng đứng để cho cho luồng hỏa hầu của cơ thể lưu chuyển dễ dàng trong cột sống. Muốn vậy, người ta phải kê gối ngồi thiền (bồ đoàn) hay tận dụng mặt bằng có độ dốc hơn nghiêng về phía trước.

Vị trí ngồi thiền phải ở nơi thanh tịnh, thoáng khí trong lành, môi trường ô nhiễm sẽ làm cho khí prana trong cơ thể (được tạo ra trong khi tọa thiền) sẽ không được tinh khiết, bất lợi cho việc tạo luồng hỏa hầu trong cơ thể.

Vạt núi sườn nam của Yên Tử hợp cách rất tự nhiên giúp cho người tu thiền có được các điều kiện ngoại cảnh đó. Núi rừng Yên Tử đã từng được coi là núi Linh Thứu bên Tây Trúc qua áng thơ của Đệ tam Tổ Huyền Quang:

15 năm ở ngôi Thượng hoàng cũng là thời gian vua Nhân Tông tu hành và hiển Phật. Vua Trần Minh Tông, cháu nội của Ngài đã viết rằng: “Thế Tôn bỏ ngai vàng quý báu, nửa đêm vượt thành, bỏ áo rồng cao sang, non xanh cắt tóc, mặc chim thước làm tổ trên đỉnh đầu, mặc con nhện giăng tơ trên vai cánh, tu phép tịch diệt để tỏ đại chân như, dứt cõi trần duyên mà thành bậc Chánh giác. Đức Tổ ta là Điều Ngự Nhân Tông hoàng đế ra khỏi cõi trần, thoát vòng tục lụy, bỏ chốn cung vua ra giữ sơn môn”.